При обновлении с версии 5.2 до 5.5 слетает форматирование

Это связано с правами доступа к файлу на сервере.
к папке /cache/themes/Sugar/css/ выставляет права доступа к файлам 660, а нужно 664
а как папкам sugar выставляет 770, а нужны 775

поэтому в config.php
dir_mode & file_mode (примерно так), только учтите, там првава в десятичной системе, поэтому привычный нам 664 будет выглядеть как 436, а 2775 - как 1533