Защита от сбоев. Поддерживаются ли в SugarCRM транзакции MySql?

Не поддерживаются.
В SugarCrm модель работы с базой происходит при помощи сборки запросов на ходу.
Поэтому защита от сбоев довольно плохо совместима с данной системой и рекомендуется делать регулярный бекап, 2 раза в день, если информация в SugarCrm действительно важна для организации.